Od roku 2000 Instytut uczestniczy w kształceniu doktorantów w ramach Studium Doktoranckiego Nauk Przyrodniczych Polskiej Akademii Nauk w Krakowie (SDNP PAN). SDNP PAN współtworzą Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk oraz Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt Polskiej Akademii Nauk. W kształceniu doktorantów uczestniczy również Instytut Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk.
Podstawy i zasady funkcjonowania oraz prawa i obowiązki doktorantów zawarto w Regulaminie SDNP PAN. W związku z wejściem w życie ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z dnia 3 lipca 2018 r., od roku akademickiego 2019/2020 funkcje SDNP PAN zostały przejęte przez Szkołę Doktorską Nauk Przyrodniczych i Rolniczych w Krakowie. Z dniem 31 grudnia 2023 roku SDNP PAN zakończy działalność. Obecni doktoranci SDNP PAN dokończą kształcenie w dotychczasowym trybie